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El término municipal de Covaleda se encuentra entre las estribaciones de la Sierra de Urbión y las de la Sierra de Resomo, en la provincia de Soria. Dentro de las zonas que se definen en la provincia, Covaleda pertenece a la Subzona de Pinares de la Zona Norte. La altura sobre el nivel del mar es de 1.214 metros y la distancia a la capital de provincia es de 41 kilómetros.
La topografía del municipio es muy irregular, debido a que se encuentra entre dos sierras y al hecho de que lo atraviesa el río Duero de Noroeste a Sureste. En cuanto a la altimetría, la altitud media del término está alrededor de los 1.500 metros, y sus alturas extremas son las siguientes:
- La cota más alta corresponde al Pico de Urbión, con 2.229 metros de altitud, en cuya divisoria se encuentran los límites de las provincias de La Rioja y Soria.
- El punto más bajo corresponde a la Cuenca del Duero, con 1.183 metros y "Congosto", con 1.824 metros y "Pico Marañón", de 1.474 metros de altitud.
La superficie del término municipal es de 10.566 hectáreas y supone casi el 6,9% de la total de la Subzona de Pinares, que alcanza las 152.000 hectáreas. Los límites geográficos del término de Covaleda son los siguientes: