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La orografía del término municipal de Covaleda, determinada por su ubicación en el corazón de la Sierra de Urbión, muestra en su parte norte, un espectacular paisaje de montaña con elevados picos como Urbión (2.228 m) o Zurraquín (2.105 m), y lagunas de origen glaciar que se formaron en el Cuaternario que han dejado su huella en las morrenas y farallones de las lagunas Negra, Helada y Larga. Se encuentran dentro de los Humedales Protegidos de la Unión Europea. En la parte sur, en la Sierra de la Umbría, destaca el pico Marañón (1.474 m). La diferencia entre las cotas de nivel nos ofrece un relieve con fuertes contrastes e impresionantes vistas paisajísticas.
La elevada altitud, la abundante vegetación y su situación en el interior de la Península, determinan un clima de montaña con primaveras tardías y lluviosas, veranos suaves, otoños de temperaturas medias con algunas lluvias e inviernos fríos con precipitaciones, a menudo en forma de nieve.
Esta especial climatología, unida al relieve del terreno y a la abundante vegetación que se encarga de retener y atraer la lluvia, propician la abundancia de agua.
El cauce principal es el río Duero que atraviesa el término municipal de oeste a sureste y se va alimentando de los arroyos y fuentes que salen a su paso. Ofreciendo llamativos contrastes en su recorrido atraviesa laderas pedregosas, provocando la aparición de un impresionante desfiladero, en el paraje de los Apretaderos, para llegar a remansos de arenas blancas y verdes praderas en sus orillas en el paraje del Refugio de Pescadores.